La découverte de la variante ‘Deltacron’ est probablement une erreur de laboratoire, selon des experts de la santé
La découverte d’une nouvelle variante potentielle de COVID-19 surnommée « Deltacron » au cours du week-end a divisé les experts de la santé, certains affirmant que les résultats sont plus probablement dus à une erreur de traitement en laboratoire ou à une contamination d’échantillon.
Deltacron a été signalé pour la première fois par le Dr Leondios Kostrikis, professeur de sciences biologiques et chef du laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire à l’Université de Chypre, qui a nommé la souche en raison de la ressemblance de sa signature génétique avec Omicron et Delta.
Kostrikis a signalé 25 cas de mutation, notant à ce moment-là qu’il était trop tôt pour dire s’il y avait plus de cas de Deltacron ou quel pourrait être son impact potentiel. Ces données ont été envoyées vendredi à la base de données internationale GISAID qui suit l’évolution du virus.
Bien qu’il soit possible pour les variantes de coronavirus de «recombiner» leurs génomes pour former de nouvelles souches, dans ce cas, les experts de la santé mettent en doute les conclusions de Kostrikis, affirmant plutôt que la nouvelle variante est plus probablement une erreur de laboratoire.
Chef d’équipe technique de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) COVID-19 Le Dr Krutika Kuppalli a tweeté qu' »il n’y a pas de #Deltacron », en disant qu’il s’agit d’un « artefact de séquençage probable », ce qui, explique-t-elle, signifie une contamination en laboratoire de fragments d’Omicron dans un échantillon Delta.
Lorsqu’il a été joint pour commentaires lundi, un porte-parole de l’OMS a dirigé CTVNews.ca vers un tweet publié lundi par le Dr Maria Van Kerkhove, épidémiologiste des maladies infectieuses et responsable technique COVID-19 de l’organisation.
« Entrons en retard ici : n’utilisons pas de mots comme deltacron, flurona ou flurone. S’il te plaît, » Le tweet de Kerkhove indique, faisant écho à Kuppalli. «Ces mots impliquent une combinaison de virus/variantes et cela ne se produit pas. « Deltacron » est probablement une contamination pendant le séquençage. »
Deltracron n’est actuellement pas répertorié dans la base de données « Variants of Concern » ou « Variants of Interest » de l’OMS.
La bioéthicienne et généticienne montréalaise à l’Institut de recherche du Centre universitaire de santé McGill et directrice de la sensibilisation communautaire pour le Coronavirus Variants Rapid Response Network, Fatima Tokhmafshan, affirme que les données actuelles ne soutiennent pas la théorie des variantes combinées.
Comparant l’évolution du coronavirus à un courrier, Tokhmafshan a déclaré que le séquençage d’une variante est comme un code-barres qui est scanné à chaque point de contrôle qu’il traverse.
« Vous pouvez suivre ses étapes et ensuite vous pouvez dessiner une carte… au fur et à mesure que ses changements sont introduits dans son génome et qu’il passe d’une personne à une autre », a-t-elle déclaré lors d’un entretien téléphonique avec CTVNews.ca lundi. « Le génome est en quelque sorte scanné et nous pouvons créer un arbre généalogique pour lui, et sur la base de cet arbre généalogique, vous pouvez remonter dans le temps et placer les mutations qui ont été introduites et construire une histoire du moment où ces choses sont apparues environ. »
Tokhmafshan a déclaré que, sur la base de cet arbre phylogénétique (un type de diagramme qui montre l’évolution de différents gènes d’un ancêtre commun), les scientifiques sont en mesure de déterminer si une nouvelle variante a émergé.
« Dans le cas de cette variante particulière de Transformer », a-t-elle déclaré en référence à la blague en ligne selon laquelle Deltacron ressemble à un méchant de la télévision, « Le simple fait d’obtenir une séquence qui vous dit qu’il a des mutations qui sont à la fois de Delta et d’Omicron n’est pas assez pour que vous disiez qu’il s’agit d’une toute nouvelle recombinaison… la probabilité qu’il s’agisse d’une nouvelle variante est extrêmement faible.
Le biologiste moléculaire du Scripps Research Translational Institute Eric Topol était encore plus ferme dans sa réfutation des découvertes de Kostrikis, tweeter ça « Deltacron est un scariant. Une chose de moins à s’inquiéter. »
Le virologue de l’Imperial College de Londres, Tom Peacock, s’est également rendu sur Twitter pour expliquer sa conviction que Deltacron est plus probablement une erreur de laboratoire qu’une nouvelle variante.
Dans un fil, Peacock a posté que il pense qu’Omicron n’a pas circulé suffisamment longtemps pour créer des recombinants et que les « séquences de Deltacron rapportées par plusieurs grands médias semblent être assez clairement une contamination – elles ne se regroupent pas sur un arbre phylogénétique ».
Peacock a publié des comparaisons de l’arbre phylogénétique du Deltracron supposé variante et un véritable variante recombinante des variantes Alpha et Delta précédemment découvertes au Japon pour montrer la différence dans les résultats – principalement que dans une vraie variante recombinante, il existe des groupes distincts dans l’arbre qui montrent son matériel partagé.
Peacock a dit que c’était très probablement que tous les échantillons étaient « toutes les séquences du même séquençage dans le même laboratoire le même jour qui présentaient un problème de contamination », mais il ne pouvait pas en être certain.
Malgré les réfutations de pairs et d’experts sur ses données, Kostrikis a doublé sa découverte, déclarant à Bloomberg dans une déclaration par courrier électronique dimanche que ses conclusions ne sont pas une erreur, et que l’infection à Deltacron s’est avérée plus élevée parmi les patients hospitalisés pour COVID-19 que parmi les patients non hospitalisés, ce qui, selon lui, exclut la théorie de la contamination en laboratoire.
Kostrikis a également déclaré que le même séquençage avait été trouvé par un laboratoire en Israël. Il n’a pas fourni de détails ni le nom du laboratoire dans sa déclaration.
Cependant, Tokhmafshan a souligné lorsqu’on l’a interrogé sur les dernières affirmations de Kostrikis selon lesquelles si les échantillons qu’il a envoyés au laboratoire en Israël étaient les mêmes échantillons potentiellement contaminés que ceux utilisés dans son laboratoire à Chypre, ils obtiendraient bien sûr le même résultat.
« Si votre échantillon d’origine n’est pas préparé correctement, si vous avez une contamination et si je l’envoie à 10 autres laboratoires, c’est le même échantillon, ils vont obtenir les mêmes résultats », a-t-elle déclaré. « Je serais curieux de savoir quand ils disent qu’un laboratoire en Israël a obtenu la même chose, est-ce qu’ils ont trouvé une nouvelle personne avec exactement le même [mutation] dans une situation géographique totalement différente ? Si c’est le cas, je serais intéressé.
CTVNews.ca a contacté Kostrikis mais n’a pas eu de réponse au moment de la publication.
« Je veux rassurer les Canadiens qu’il existe une entité de scientifiques hautement dévoués, des scientifiques interdisciplinaires qui ne sont pas payés par le gouvernement, pas par une entreprise qui fait ce travail vraiment, vraiment épuisant », a déclaré Tokhmafshan à propos des découvertes de Deltacron. « Nous surveillons l’évolution virale et surveillons ce qui se passe ici au Canada et aussi à travers le monde… nous sonnerons en effet l’alarme si un truc de style Transformers émerge. »