Une équipe de chercheurs dirigée par une université de la Colombie-Britannique a découvert plusieurs nouvelles espèces de coronavirus, dont certaines ont été trouvées dans des endroits inattendus comme des excréments d’animaux.

Les découvertes, décrites dans un communiqué de presse mercredi de l’Université de Colombie-Britannique, ont été faites par un ancien chercheur post-doctoral de l’UBC, qui a dirigé une équipe internationale dans une analyse des données de séquençage de l’acide ribonucléique (ARN).

Artem Babaian a dirigé l’étude de 20 millions de gigaoctets de données de séquences génétiques, baptisée « projet Serratus ». Ces données provenaient de 5,7 millions d’échantillons biologiques, selon l’UBC.

« Nous entrons dans une nouvelle ère de compréhension de la diversité génétique et spatiale des virus dans la nature, et de la façon dont une grande variété d’animaux interagissent avec ces virus », a déclaré Babaian dans le communiqué de presse.

« L’espoir est que nous ne soyons pas pris au dépourvu si quelque chose comme le SRAS-CoV-2 – le nouveau coronavirus qui cause le COVID-19 – émerge à nouveau… Le véritable objectif est que ces infections soient reconnues si tôt qu’elles ne deviennent jamais des pandémies. »

Les échantillons collectés dans le monde entier sur une période de 13 ans comprenaient des excréments de plusieurs animaux, ainsi que d’autres sources, selon un résumé de l’école de la recherche publié dans la revue scientifique. Nature cette semaine.

L’équipe de recherche a présenté la collection comme provenant de « tous les continents et océans, et de tous les règnes de la vie ».

Avec l’aide d’un superordinateur « ridiculement puissant » construit par l’UBC et Amazon Web Services, l’équipe a déclaré avoir trouvé près de 10 fois plus de virus à ARN que ce qui était connu auparavant.

Au total, le projet a permis de découvrir 132 000 virus à ARN. Seuls 15 000 étaient connus avant le projet Serratus.

L’équipe a également découvert neuf nouvelles espèces de coronavirus au cours de l’étude, qui a duré 11 jours et coûté environ 24 000 dollars.

Quant à ce qui a été appris, il y a eu quelques défis, écrit l’équipe dans l’article publié dans le journal.

« Une limitation importante pour ces analyses est que les lectures d’acide nucléique ne prouvent pas que l’infection virale a eu lieu dans l’espèce hôte nominale. Par exemple, nous avons identifié cinq bibliothèques dans lesquelles un coronavirus porcin, aviaire ou de chauve-souris a été trouvé dans des échantillons de plantes », a déclaré l’équipe.

L’espoir est que cette recherche, et la base de données créée par le projet Serratus, aidera à « ouvrir la voie à l’identification rapide de la propagation du virus chez l’homme », a déclaré l’UBC. La base de données peut également être utilisée pour identifier les virus ayant un impact sur le bétail, les cultures et les espèces menacées, selon l’école.

Le jeune homme de 32 ans a donné l’exemple d’un patient souffrant d’une fièvre inexpliquée. Il a déclaré que le sang du patient pourrait être séquencé et que le virus à l’origine de la fièvre pourrait être comparé à la base de données des virus existants du projet Serratus.

« Vous pouvez effectuer une recherche dans la base de données en deux minutes environ et relier ce virus à, par exemple, un chameau d’Afrique subsaharienne échantillonné en 2012 », a déclaré Babaian.

Il a qualifié cette recherche, qui a été esquissée sur une serviette de table et a commencé comme un projet secondaire « amusant », de « période scientifique la plus passionnante de ma vie. »

« Il y a deux types d’amusement. Le type 1, c’est sourire et s’amuser. Le type 2, c’est quand on est malheureux en le faisant mais que le souvenir brille, comme l’escalade. À bien des égards, Serratus est un amusement de type 2. Vous devez juste croire que ça va marcher. »