Des scientifiques canadiens surveillent les nouvelles variantes du COVID dans les eaux usées des avions
Alors que les responsables canadiens de la santé publique remettent en question la transparence de la Chine dans le partage de ses informations de surveillance du COVID-19, les scientifiques intensifient les tests sur les eaux usées des avions pour tenter d’obtenir une alerte précoce de nouvelles variantes potentielles.
Vendredi, l’aéroport international de Vancouver se joindra à l’aéroport international Pearson de Toronto pour prélever des échantillons de matières fécales provenant des toilettes des avions afin d’identifier les variantes et sous-variantes de coronavirus que les passagers et l’équipage pourraient apporter au Canada.
« Un système sentinelle pour les nouvelles variantes – c’est vraiment là que nous voyons la valeur ajoutée des tests dans les aéroports », a déclaré à La Presse canadienne le Dr Guillaume Poliquin, vice-président du Laboratoire national de microbiologie de l’Agence de la santé publique du Canada.
Où les tests d’eaux usées auront-ils lieu ?
L’échantillonnage aura lieu dans les deux aéroports les plus achalandés du Canada : Pearson International à Toronto et l’aéroport international de Vancouver.
L’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) travaille en fait avec des scientifiques universitaires pour tester les eaux usées des avions à l’arrivée, ainsi que des aérogares, à Pearson depuis janvier 2022. Les déchets des avions en provenance de destinations nationales et internationales sont tous mélangés. ensemble, a déclaré Lawrence Goodridge, professeur à l’Université de Guelph et l’un des chercheurs.
Cela continuera, mais l’ASPC ajoute un projet pilote pour tester séparément les eaux usées des avions en provenance de Chine ou de Hong Kong.
Vendredi, l’ASPC et le Centre de contrôle des maladies de la Colombie-Britannique commenceront à tester les eaux usées des «vidages des toilettes» des avions à l’aéroport international de Vancouver, quelle que soit leur provenance, a déclaré Trevor Boudreau, directeur des relations gouvernementales de l’aéroport.
Puis, dans les semaines à venir, les chercheurs lanceront une étude pilote similaire à celle de Pearson pour tester séparément des échantillons d’avions en provenance de Chine et de Hong Kong, a déclaré Boudreau.
« Les aéroports représentent vraiment, vous savez, une grande proportion de personnes – dont beaucoup sont des voyageurs internationaux venant dans le pays », a déclaré Goodridge.
« Les variantes qui sont jusqu’à présent des préoccupations majeures en matière de santé publique sont toutes originaires de l’extérieur du Canada. C’est donc un excellent moyen de comprendre ce qui arrive et ces données peuvent ensuite être utilisées pour prendre des décisions en matière de santé publique. »
Pourquoi les avions de Chine et de Hong Kong subissent-ils des tests séparés ?
Il y a eu une explosion de la maladie COVID-19 après que le gouvernement chinois a levé les restrictions strictes. Dans un communiqué de presse publié le 31 décembre, l’ASPC a déclaré que la Chine n’avait pas fourni suffisamment de « données épidémiologiques et de séquences génomiques virales » sur ces cas.
Cela inclut des informations sur les variantes en circulation et sur les nouvelles potentielles émergentes.
« Ce que nous faisons ici, c’est aller plus loin (test des eaux usées) et voir si nous pouvons obtenir plus de précision en faisant un échantillonnage direct par avion », a déclaré Poliquin.
« Ensuite, nous serons en mesure de comparer cela … aux données des échantillons regroupés pour avoir une idée de la valeur réelle ajoutée, quel type d’informations supplémentaires cela nous donne-t-il? »
Comment fonctionne l’analyse des eaux usées ?
Ce qui sort des toilettes de l’avion est une « soupe d’eaux usées » avec des souches de virus et des variantes de centaines de milliers de personnes, a déclaré Goodridge.
Des camions transportent les eaux usées vers une installation centrale où les scientifiques prélèvent des échantillons.
La première partie du processus consiste à séparer les solides et les liquides dans les déchets et à éliminer tous les « contaminants » – tels que les fibres et les produits chimiques – qui pourraient interférer dans le processus d’analyse, a déclaré Poliquin.
Ensuite, « l’échantillon propre » est soumis à un processus d’analyse du matériel génétique – en particulier l’ARN du virus – présent. Ce processus, appelé « séquençage génomique », utilise des algorithmes informatiques pour trouver des variantes du COVID-19.
Le séquençage génomique permet aux scientifiques non seulement de trouver des variantes et des sous-variantes qu’ils connaissent déjà, mais également de voir tout ce qui semble inhabituel ou nouveau.
C’est alors que l’ASPC peut examiner toutes les mutations uniques et les comparer à ce qu’elle a observé cliniquement, comme les variantes qu’elle a trouvées grâce aux tests PCR. Ils peuvent également comparer les résultats avec les données qu’ils obtiennent d’autres pays sur les variantes en circulation.
Une nouvelle variante d’Omicron que l’ASPC surveille actuellement s’appelle XBB.1.5. Les données des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) de la dernière semaine de décembre suggèrent que la variante représentait environ 40% des cas de COVID-19 aux États-Unis, et le Royaume-Uni signale également une augmentation.
Mercredi, l’agence était au courant de 21 cas de XBB.1.5 au Canada et a déclaré qu’il est « actuellement considéré comme n’étant détecté que sporadiquement », a-t-il déclaré dans un e-mail.
Où d’autre le test des eaux usées est-il utilisé ?
Il y a plus de 175 endroits où les tests de dépistage du COVID-19 dans les eaux usées ont lieu en Ontario seulement, a déclaré Rob Delatolla, ingénieur en environnement à l’Université d’Ottawa. Les analyses des eaux usées aident à informer la santé publique sur la quantité et les types de COVID qui se propagent dans les villes et villages, ainsi que dans les quartiers vulnérables, les Premières Nations et les hôpitaux.
Le COVID-19 a provoqué une augmentation spectaculaire des tests d’eaux usées, a déclaré Delatolla, et il est maintenant également utilisé pour détecter la grippe et le VRS.
Goodridge, du projet d’analyse des eaux usées de l’aéroport Pearson, se spécialise dans la microbiologie alimentaire et a utilisé la surveillance des eaux usées pour détecter les maladies d’origine alimentaire avant la pandémie de COVID-19.
Historiquement, il a également été utilisé pour détecter la poliomyélite, a-t-il déclaré.
Les tests des eaux usées dans les aéroports et les avions se sont avérés inestimables, a déclaré Goodridge.
« J’aimerais que cela soit étendu à (d’autres) grands aéroports internationaux au Canada », a-t-il déclaré.
« Nous voyons ce qui arrive dans le pays, vous savez, en temps réel. »
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