Superbactérie résistante aux antibiotiques trouvée chez les porcs et les humains : étude
Les scientifiques qui étudient la superbactérie C. difficile disent que ses gènes résistants aux antibiotiques ont été trouvés chez les porcs et les humains, ce qui signifie que non seulement la transmission de la bactérie est possible à plus grande échelle, mais que les gènes qui résistent aux anticorps eux-mêmes pourraient se propager à travers un animal vecteur pour l’homme.
Clostridioides difficile, ou C. difficile, est une bactérie qui provoque une infection intestinale, induisant des symptômes tels que diarrhée et inflammation du côlon, et qui résiste à de nombreux antibiotiques. Certaines souches ont des gènes qui leur permettent de causer des dommages extrêmes, et cela peut mettre la vie en danger, en particulier chez les patients âgés qui reçoivent des antibiotiques pour d’autres problèmes.
Il est également considéré comme l’une des menaces de résistance aux antibiotiques les plus importantes au monde. En 2017, C. difficile a causé plus de 223 000 cas, 12 800 décès et coûté 1 milliard de dollars américains en coûts de soins de santé aux États-Unis, selon les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis. Une étude canadienne a révélé qu’entre 2009 et 2015, plus de 20 600 adultes ont signalé une infection à C. difficile développée dans un établissement de soins de santé.
« Notre découverte de gènes de résistance multiples et partagés indique que C. difficile est un réservoir de gènes de résistance aux antimicrobiens qui peuvent être échangés entre les animaux et les humains », a déclaré le Dr Semeh Bejaoui, doctorant à l’Université de Copenhague et l’un des auteurs de l’étude, a déclaré dans un communiqué de presse. « Cette découverte alarmante suggère que la résistance aux antibiotiques peut se propager plus largement qu’on ne le pensait auparavant, et confirme les liens dans la chaîne de résistance menant des animaux de ferme aux humains. »
C. difficile vit en fait dans les intestins de nombreuses personnes dans le cadre de l’équilibre régulier du système digestif, mais sa croissance est normalement contrôlée par d’autres bactéries.
Le côté dangereux de C. difficile peut être débloqué par un outil régulier du système de soins de santé : les antibiotiques.
Lorsqu’une personne prend des antibiotiques pour traiter une infection, le médicament détruit certaines des autres bactéries dans l’intestin ainsi que l’infection qu’il ciblait – et puisque C. difficile est résistant aux antibiotiques, si l’équilibre du système intestinal est jeté, C. difficile peut devenir incontrôlable et attaquer la muqueuse des intestins. La prise récente d’antibiotiques est le plus grand facteur de risque de développer une inflammation ou une infection causée par C. difficile.
Les chercheurs voulaient déterminer si des souches de C. difficile connues pour avoir des gènes résistants aux antibiotiques ainsi que des gènes producteurs de toxines étaient présentes chez les porcs ainsi que chez les humains, ce qui pourrait indiquer que la transmission zoonotique aide C. difficile à évoluer vers des formes plus dangereuses et se propager plus rapidement.
Dans l’étude, qui est présentée cette semaine à la conférence du Congrès européen de microbiologie clinique et des maladies infectieuses au Portugal, les chercheurs ont examiné des échantillons de C. difficile dans 14 élevages porcins au Danemark et ont comparé ces échantillons à ceux de patients hospitaliers danois.
Ils ont examiné des échantillons de selles de 514 porcs prélevés en 2020 et 2021 et ont découvert que 54 porcs avaient C. difficile. Ils ont ensuite utilisé le séquençage génétique pour isoler les souches qui avaient une quantité accrue de gènes producteurs de toxines et résistants aux médicaments. Tous les échantillons des 54 porcs avaient les gènes producteurs de toxines.
Les chercheurs ont comparé les résultats des porcs à 934 isolats de patients humains qui avaient été frappés par une infection à C. difficile au cours de cette période.
Treize types de séquences correspondaient entre les porcs et les patients humains, une souche associée aux animaux, ST11, étant la plus courante. Dans 16 cas, la souche ST11 était identique chez l’homme et l’animal.
Sur les 54 échantillons de porcs, 38 avaient au moins un gène résistant aux antibiotiques, et en général, la résistance s’appliquait à une classe d’antibiotiques couramment utilisés pour traiter les infections bactériennes graves.
Les chercheurs pensent que cela indique que l’utilisation d’antibiotiques chez les animaux de ferme a pour effet secondaire involontaire de produire davantage de souches hypervirulentes de C. difficile qui pourraient être capables de se transmettre aux humains par transmission zoonotique.
« La surutilisation des antibiotiques en médecine humaine et en tant qu’outils de production bon marché dans les fermes annule notre capacité à guérir les infections bactériennes », a déclaré Bejaoui.
Les experts ont déjà signalé le problème de la surutilisation des antibiotiques chez les animaux de ferme – en août 2021, l’ONU a publié une déclaration conjointe avec le Groupe des dirigeants mondiaux sur la résistance aux antimicrobiens appelant à une réduction significative des antimicrobiens dans la production alimentaire et les animaux de ferme, avertissant que » le monde se dirige rapidement vers un point de basculement où les antimicrobiens sur lesquels on comptait pour traiter les infections chez les humains, les animaux et les plantes ne seront plus efficaces.
Bejaoui a ajouté que les chercheurs craignaient de découvrir que certaines souches de C. difficile possédaient de nombreux gènes supplémentaires résistants aux antibiotiques qui n’affectaient déjà pas la bactérie.
« Le grand réservoir de gènes conférant une résistance aux aminoglycosides, une classe d’antibiotiques à laquelle C. difficile est intrinsèquement résistant, est particulièrement préoccupant – ils ne sont pas nécessaires pour la résistance chez cette espèce. C. difficile joue donc un rôle dans la propagation de ces gènes à d’autres espèces sensibles », a-t-elle déclaré.
« Cette étude fournit plus de preuves sur la pression évolutive liée à l’utilisation d’antimicrobiens dans l’élevage, qui sélectionne des agents pathogènes humains dangereusement résistants. Cela souligne l’importance d’adopter une approche plus globale, pour la gestion de l’infection à C. difficile, afin d’envisager toutes les voies de dissémination possibles.
L’une des grandes limites de l’étude est que, bien que les scientifiques aient trouvé des souches similaires de cette bactérie chez les porcs et les humains, ils n’ont pas été en mesure de déterminer une direction de transmission potentielle – c’est-à-dire si cette bactérie peut passer des animaux aux humains, des humains aux animaux, ou les deux.
« Le fait que certaines des souches des isolats humains et animaux étaient identiques suggère qu’elles pourraient être partagées entre les groupes, mais tant que nous n’aurons pas effectué d’analyses phylogénétiques plus approfondies, nous ne pouvons pas déterminer la direction de la transmission, qui pourrait également être bidirectionnelle, avec la bactérie. étant continuellement échangés et élargis dans la communauté et les fermes », a déclaré Bejaoui.