Les variantes préoccupantes de COVID se répandent dans la population des cervidés : étude
Selon une nouvelle étude de l’Université Cornell, le cerf de Virginie pourrait être un réservoir pour les variantes préoccupantes du COVID-19 qui ne circulent plus chez les humains, notamment Alpha, Delta et Gamma.
Les auteurs disent que la recherche soulève la question de savoir si les cerfs pourraient réintroduire des variantes presque éteintes dans la population humaine.
Dans une étude publiée dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS) le 31 janvier, des scientifiques du College of Veterinary Medicine de Cornell expliquent comment des preuves d’une infection généralisée par des variants préoccupants (VOC) ont été trouvées chez des cerfs de l’État de New York en 2020 et 2021.
Ils ont écrit que le virus s’est probablement propagé aux cerfs à partir des humains à un moment donné avant de s’éteindre dans la population humaine.
Bien que les voies de transmission du virus de l’homme au cerf de Virginie soient encore quelque peu mystérieuses, les chercheurs ont déclaré que les activités humaines telles que l’alimentation des cerfs ou l’appâtage pour la chasse pourraient fournir une occasion de transmission.
« Les résultats indiquent que le cerf à queue blanche – le grand mammifère le plus abondant en Amérique du Nord – peut servir de réservoir pour les souches variantes du SRAS-CoV-2 qui ne circulent plus dans la population humaine », ont écrit les auteurs, ajoutant que ces résultats « soulèvent des inquiétudes quant au rôle du cerf à queue blanche dans l’épidémiologie et l’écologie du virus. »
Pendant les saisons de chasse de septembre à décembre en 2020 et 2021, les chercheurs ont recueilli 5 462 échantillons de ganglions lymphatiques de cerfs de Virginie en liberté récoltés par des chasseurs. Parmi ceux-ci, 2 700 provenaient de 2020 et 2 762 de 2021.
En utilisant des tests PCR, ils ont trouvé l’ARN du SRAS-CoV-2 dans 17 échantillons de 2020 et dans 583 échantillons de 2021. Ils ont identifié de multiples » points chauds » de COVID-19 dans tout l’État de New York et ont constaté que le virus s’était propagé de manière significative entre les deux saisons de chasse, infectant des cerfs dans 10 comtés en 2020 et 48 comtés en 2021. Les tests ont révélé que des cerfs de Virginie avaient été infectés par le SRAS-CoV-2 dans neuf des dix régions géographiques de l’État.
Ils ont également révélé que les séquences d’ARN viral chez les cerfs étaient radicalement différentes de celles des humains, ce qui suggère que le virus s’est adapté, ou a muté, dans ses nouveaux hôtes.
« Notre analyse suggère l’existence de multiples événements de propagation (de l’homme au cerf) des lignées Alpha et Delta, avec une transmission et une adaptation ultérieures du virus d’un cerf à l’autre « , écrivent les auteurs.
Un graphique fourni par les auteurs de l’étude montre plusieurs événements de propagation du SRAS-CoV2, y compris la propagation hypothétique du virus du cerf de Virginie à d’autres espèces animales, puis à l’homme. (Mathias Martins et al/Cornell University)
« L’impact de ces mutations sur la capacité du virus à se transmettre entre cerfs de Virginie ou du cerf de Virginie à l’homme est encore inconnu et devrait être étudié à l’avenir car il pourrait mettre en lumière les mécanismes qui affectent le risque de transmission du virus du cerf à l’homme. »
Les scientifiques savent déjà que le SRAS-CoV-2 – le virus à l’origine du COVID-19 – peut se propager parmi les animaux.
La plupart des premières infections humaines connues ont été liées au Huanan Seafood Wholesale Market de Wuhan, en Chine, où plusieurs espèces animales sauvages vivantes étaient vendues. En outre, le séquençage du génome a révélé une grande similitude entre le SRAS-CoV-2 et les coronavirus circulant chez les chauves-souris en Chine, ce qui suggère que les chauves-souris sont la source la plus probable du virus ancestral du SRAS-CoV-2.
Mais la détection des COV chez le cerf à queue blanche longtemps après leur circulation chez l’homme soulève la question de savoir si le cerf, agissant comme un réservoir du virus, pourrait introduire les variantes dans d’autres populations animales ou même à nouveau dans les populations humaines. Le Centre national des maladies animales exotiques a découvert en 2021 que des cerfs du Québec qui semblaient par ailleurs en bonne santé étaient porteurs du virus.
« Les résultats sont importants car ils démontrent qu’il existe un risque de contact avec le SRAS-CoV-2 infectieux lors de la manipulation et du traitement des carcasses de cerfs de Virginie, ce qui pourrait entraîner un retour de flamme par la transmission du virus du cerf à l’homme », ont écrit les auteurs.
Pour cette raison, les auteurs de l’étude avertissent que les populations de cerfs de Virginie doivent être surveillées de près et que des mesures visant à minimiser la transmission du virus entre les humains et les animaux sont « nécessaires de toute urgence. »