B.1.640 : 5 cas canadiens d’une variante peu connue du coronavirus
TORONTO — Une variante de coronavirus qui a fait les manchettes récemment est une « variante sous surveillance » depuis novembre 2021, selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), mais elle ne circule pas à grande échelle actuellement.
Le variant B.1.640 a été détecté pour la première fois dans un certain nombre de pays en septembre 2021, selon l’OMS, et comporte deux sous-lignées, B.1.640.1 et B.1.640.2. Le B.1.640.2, surnommé « IHU » à la suite d’une étude publiée fin décembre sur le serveur de preprint medRxiv.org par l’IHU Méditerranée Infection de Marseille, en France, a attiré l’attention en raison du grand nombre de mutations détectées. Les preprints sont des études qui n’ont pas encore été examinées et évaluées par des pairs.
Cinq cas de la variante ont été séquencés au Canada et partagés sur GISAID – quatre en Ontario et un au Québec. GISAID permet aux scientifiques du monde entier de partager rapidement des données sur le COVID-19, y compris le séquençage génétique. La séquence du Québec a été recueillie le 2 octobre 2021 chez un individu de 34 ans. Un échantillon de l’Ontario a été collecté chez un homme le 10 décembre 2021 et un autre le 4 janvier, selon les données du GISAID.
Les variants sous surveillance sont ceux dont les modifications génétiques sont « suspectées d’affecter les caractéristiques du virus avec une certaine indication que cela pourrait poser un risque futur », mais les preuves de leur impact ne sont actuellement pas claires, selon l’OMS. Ces variantes se situent en dessous des « variantes préoccupantes » identifiées par l’agence sanitaire, telles que Omicron et Delta, et également en dessous des « variantes d’intérêt » dont les modifications génétiques sont prédites ou connues pour affecter des caractéristiques telles que la transmissibilité et la gravité de la maladie, et qui ont provoqué une transmission notable ou des regroupements dans plusieurs pays ou d’autres impacts épidémiologiques qui pourraient présenter un risque.
« Moins d’un pour cent des échantillons qui ont été séquencés en France sont de cette variante particulière », a déclaré le Dr Maria Van Kerkhove, responsable technique du COVID-19 au sein du Programme d’urgence sanitaire mondial, lors d’une conférence de presse organisée par l’OMS. Conférence de presse de l’OMS.
« Cela signifie qu’il est important que nous suivions cette maladie, notamment en raison du nombre de mutations qu’elle présente, mais elle ne circule pas largement pour le moment. »
Elle a souligné l’importance de continuer à partager le séquençage sur des plateformes mondiales comme GISAID pour aider à suivre les variantes. Rien qu’en décembre, un million de séquences génétiques ont été partagées sur la plateforme, un chiffre sans précédent, a indiqué Mme Van Kerkhove.
« La raison pour laquelle nous la classons comme une variante sous surveillance est de sensibiliser les gens et de les inciter à être à l’affût de cette variante », a-t-elle ajouté.
La plupart des séquences rapportées sur GISAID proviennent de France, avec 319, suivie de la République du Congo, avec 40.
La lignée B.1.640.2 a 46 mutations et 37 délétions résultant en 30 substitutions d’acides aminés et 12 délétions, selon la préimpression de l’IHU, avec 14 substitutions d’acides aminés et 9 délétions situées dans la protéine de pointe.